L'aventure continue, mais cette foi-ci Balto n'est plus seul... Il est aujourd'hui père et tous ses chiots sauf un, Aleu, ont trouvé une famille d'adoption. Après une terrible rencontre avec un chasseur dans la forêt, la jeune Aleu découvre qu'elle ne sera jamais acceptée comme ses frères et soeurs. En effet, tout comme son père, elle ressemble plus à un loup qu'à un chien. Bouleversée, elle s'enfuit alors et part à la recherche de son identité, afin de trouver sa place dans le monde. Balto inquiet, hanté par des rêves étranges impliquant un mystérieux loup blanc et un corbeau, part sur les traces d'Aleu. Commence alors une quête épique à travers le désert glacial de l'Alaska.
